Святитель Іоанн народився на Кипрі в VII ст.. в сім’ї знатного вельможи Єпифанія. З волі батьків вступив в шлюб і мав дітей. Коли жінка святого та діти померли, він став ченцем: строгим посником, молитвеником і братолюбцем.
Його духовні подвиги принесли йому відомість, і коли патріарша кафедра в Александрії овдовіла, імператор Іраклій і все духовенство ублагали святого Іоанна посісти патріарший престол.
Святитель достойно ніс архіпастирське служіння, піклуючись про моральне і догматичне виховання пастви. Під час свого патріаршества він викрив і вигнав з Александрії єресь монофеліта-антиохійця Фуллона.
Але головною своєю справою святитель вважав милостиню і благодіяння всім нужденним. На початку свого патріаршого служіння він наказав перерахувати всіх бідних і убогих в Александрії, котрих виявилось більше семи тисяч чоловік. Всім цим нещасним святитель давав щоденне безкоштовне годування. Два рази на тиждень, в середу і п’ятницю, він виходив до дверей патріаршого собору і, сидячи на паперті, приймав всіх нужденних: розбирав суперечки, допомагав скривдженим, роздавав милостиню. Три рази на тиждень він відвідував лікарні, надаючи допомогу стражденним. В цей час імператор Іраклій вів тяжку війну з перським царем Хозроєм ІІ. Перси пограбували і спалили Єрусалим, захопили багатьох полонених. Святий Патріарх Іоанн виділив велику частину церковної казни для їхнього викупу.
Святитель ніколи не відмовляв тим, хто просить. Одного разу дорогою до лікарні він зустрів убогого і звелів дати йому 6 срібняків. Убогий змінивши одяг, обігнав Патріарха і знову став просити милостиню. Іоанн знову дав йому 6 срібняків. Коли ж убогий і в третій раз став просити милостиню і слуги стали гнати надокучливого прохача, Патріарх наказав дати йому12 срібняків, сказавши: « Чи не Христос випробовує мене?» Два рази святитель давав гроші купцю, який втрачав кораблі, на третій раз дав йому Патріарший корабель, наповнений пшеницею, на котрому купець здійснив благополучну подорож і повернув борг.
Святий Іоанн Милостивий був відомий своїм лагідним ставленням до людей. Одного разу святитель змушений був за якусь провину відлучити від Церкви якогось клірика. Винуватець озлобився на Патріарха. Святитель хотів покликати його для бесіди і забув про це. Під час Божественної літургії святий згадав слова Євангелія: «…коли приносиш дар твій до жертовника і там згадаєш, що брат твій має щось проти тебе, залиш дар твій перед жертовником і піди перше примирися з братом твоїм, і тоді прийди і принеси дар твій»( Мф. 5,23-24). Святитель вийшов з вівтаря, призвав до себе клірика що провинився і впавши перед ним на коліна всенародно просив прощення.. Вражений клірик покаявся у вчиненому і в майбутньому став благочестивим священиком.
Один міщанин образив Георгія, племінника патріарха. Георгій просив святого помститись кривднику. Святитель обіцяв так відплатити кривднику, що здивується вся Александрія. Це заспокоїло Георгія, і святий Іоанн став повчати його, говорячи про необхідність лагідності і смирення, а потім закликав кривдника, оголосив, що звільняє його від плати церковного податку на землю. Александрія дійсно була здивована такою « помстою», а Георгій зрозумів урок свого дядька.
Святий Іоанн, строгий аскет і молитвеник, завжди мав в душі пам'ять смертну. Він замовив для себе гріб, але велів майстрам не довершувати його до кінця, вказавши щоб ті кожен святковий день приходили до нього і запитували, чи не пора завершити роботу.
Незадовго до кончини святий Іоанн змушений був з причини хвороби залишити свою кафедру і віддалитись на острів Кіпр. Під час подорожі на кораблі святому було знамення: в сонному видінні йому з’явився світлосяйний муж і сказав: « Цар царів кличе тебе до Себе». Це видіння звістило про скору кончину Патріарха. Прибувши на Кіпр, в рідне місто Амафунт, святитель з миром відійшов до Господа ( 616-620рр.)