Священномученик Николай родился 1 сентября 1876 года в семье потомственного священнослужителя, диакона Агафонникова Владимира Яковлевича, и супруги его Марии Андреевны, происходившей также из духовного сословия.
С самого раннего детства мальчик приобщался к церковной жизни при храме в своем родном селе Лекма Слободского уезда Вятской губернии. С шести лет он с матерью ходил на клирос и пел с нею, а с семи лет уже читал часы и шестопсалмие. В это же время он так серьезно и ответственно нес послушание пономаря, что прихожане удивлялись смышлености мальчика, усердию и аккуратности в исполнении обязанностей, внимательности, с какой помогал он отцу при богослужении.В начальной школе учиться мальчику было интересно и легко. В 1887 г. Коля Агафонников поступил в Вятское Духовное училище, показав отличное знание церковно-славянского языка.
В 1898 г. Николай был зачислен воспитанником Вятской Духовной семинарии и одновременно стал псаломщиком Никольского собора города Слободской Вятской губернии. Он читал много духовной литературы, в особенности труды святых отцов и известных подвижников, лелея мечту посвятить себя духовным подвигам на ниве пастырства. В возрасте 23 лет Николай Владимирович Агафонников женился на Нине Васильевне Федоровой, и в том же 1899 г. Преосвященным епископом Вятским Алексием (Опоцким) был рукоположен в сан священника. Первый приход отца Николая находился в селе Загорье Вятской губернии.
Отец Николай прослужил здесь приходским священником 17 лет.Любимый и уважаемый пастырь не только поучал и наставлял в православной вере прихожан, занимался нравственным воспитанием молодежи, но и давал советы по житейским вопросам, помогал преодолевать трудности в смутные предреволюционные годы, когда народ так нуждался в молитвенниках и утешителях. Священник нередко помогал в приобретении предметов первой необходимости, лечил прихожан, покупая для них лекарства. Со всей полнотой любящего сердца он отечески заботился о благе и спасении прихожан.Годы революционной смуты застали семью отца Николая в Вятке. Как истинный пастырь он не покинул приход, несмотря на претерпеваемые бедствия.Ревностные строители новой жизни считали, что денежные пожертвования и другие церковные доходы от совершения богослужений и треб, составляют огромные накопления и священники их где-то прячут. Под видом помощи голодающим у отца Николая провели обыск.Какие несметные богатства могла скрывать семья приходского священника, состоящая из 10 человек, где трудился только глава семьи и работал не ради накопления материальных ценностей.
В феврале 1923 г. отец Николай был арестован в Вятке по подозрению в контрреволюционной деятельности и препровожден в Москву на Лубянку.Просидев в Лубянской тюрьме до июля, он был отпущен за недоказанностью обвинения.
Несмотря на все сложности и опасности священнического служения при советской власти, отец Николай не оставил своего креста – не отказался от сана, не перешел в обновленческий раскол. Выйдя из Лубянской тюрьмы, он по-прежнему добросовестно и усердно исполнял лежавшие на нем пастырские обязанности.
Перебравшись в 1927 г. поближе к своим взрослым детям, в Подольский район Московской области, он служил сначала в селе Ворсино, а позже с 1930 г. являлся настоятелем Покровского храма села Ерино и благочинным Подольского округа.
В октябре – ноябре 1937 г. по инициативе Подольского районного отделения УНКВД по Московской области начались массовые аресты «антисоветского и контрреволюционного элемента» в Подольске и Подольском районе. Конечно, это не могло не коснуться Подольского благочинного, митрофорного протоиерея, имевшего большой авторитет среди священников и прихожан. Показания против него дали люди, пользовавшиеся его гостеприимством и вниманием.Он же на следствии не оговорил никого.
– С кем Вы имеете общение из служителей культа в Подольском районе?
– Как благочинный, имею общение по службе со всеми священниками по Подольскому району, близких же отношений я ни с кем не имел.
В предъявленном обвинении протоиерей Николай виновным себя не признал.3 ноября 1937 г. заседанием Тройки при Управлении НКВД СССР по МО Агафонникову Николаю Владимировичу по обвинению в контрреволюционной деятельности назначена высшая мера наказания – расстрел.
5 ноября 1937 г. приговор привели в исполнение на полигоне Бутово под Москвой. Протоиерей Николай Агафонников реабилитирован 21 февраля 1994 г. Память священномученика Николая совершается в день его мученической кончины 23 октября (5 ноября) и в день Соборной памяти новомучеников и исповедников Российских – 25 января (7 февраля), если этот день совпадает с воскресным днем; а если этот день не совпадает с воскресным днем, то в ближайшее воскресенье после 25 февраля (7 февраля).
