Иванович Шишев родился в 1865 г., в селе Пироговское Камышловского уезда Пермской губернии. Окончил Далматовское Духовное училище (1880), Пермскую Духовную семинарию (1886) по 2-му разряду. Учился вместе со священномучениками Александром Архангельским и Иоанном Плотниковым. После вступления в брак 18 декабря 1887 г. рукоположен во иерея. Назначен служить к Вознесенской церкви с. Крестовского Камышловского уезда.
В 1892 г. Иоанн получил единовременное пособие от Камышловского отделения Епархиального комитета по сбору пожертвований в округе для голодающих. 12 марта 1893 г. переведен в Покровскую церковь Камышловского уезда при Колчеданской женской общине.
С 1893 г. был законоучителем и заведующим действовавшей при общине церковноприходской школой для девочек (в нач. XX в. начальное образование в ней получили 115 из 148 насельниц верхотурского в честь Покрова Пресв. Богородицы женского монастыря). Иоанн неоднократно получал высокие отзывы о своей работе от епархиальных наблюдателей церковноприходских школ. С 26 августа 1894 по апрель 1895 г. был духовным следователем по 2-му округу Камышловского у.
В 1897 г. награжден набедренником. 3 июня 1898 г. по представлению епархиального училищного совета за труды по церковно-школьному делу и материальному содействию школам награжден архипастырским благословением. И. состоял членом Православного миссионерского общества (с 1889), братства святого праведного Симеона Верхотурского (1901-1910).
20 апреля 1900 г. переведен на 1-ю священническую вакансию в Георгиевскую церковь с. Мироновского Верхотурского уезда. Вместе с ним 2-м священником служил священномученик Иоасаф Панов. Иоанн также был законоучителем и заведующим церковноприходской школой в деревне Липинской Оханского уезда Пермской губернии. Состоял членом-соревнователем Общества взаимного вспомоществования учившим и учащим в церковноприходских школах и школах грамоты Екатеринбургской епархии, основанного в конце 1902 - начале 1903 г. Основной задачей общества было оказание помощи учителям школ, попавшим в трудное материальное положение.
18 марта 1902 г. награжден скуфьей. 18 сентября 1902 г. назначен катехизатором по 2-му округу Верхотурского уезда на 1903 г. Иоанн состоял членом Палестинского православного общества, в 1904-1907 гг. участвовал в сборе пожертвований в его пользу. В 1904-1905 гг. был отмечен обществом за проведение 12 чтений. В мае 1908 г. награжден камилавкой. В 1915 г. получил наградной наперсный крест.
Летом 1918 г. И. в числе местного клира был обвинен в причастности к выступлениям жителей с. Мироновского против мобилизации в ряды Красной Армии. По воспоминаниям отказ от мобилизации, возможно, был вызван предположением, что из жителей с. Мироновского и окрестных деревень хотят сформировать карательный отряд. Красноармейцы, сосредоточив на берегу р. Реж несколько отрядов с пулеметами, вошли в село с требованием немедленно подчиниться мобилизации. 26 августа 1918 г. Иоанн был расстрелян близ с. Мироновского.
Сохранилось несколько разных свидетельств о его кончине. В газете «Уральская жизнь» от 20 октября 1918 г. сообщалось, что к Иоанну и священнику Иоасафу пришли по доносу об антисоветской агитации вооруженных красноармейцев и приказали ехать в штаб полка на ст. Егоршино. Священников сопровождали сыновья Владимир Шишев (вернулся из австрийского плена) и Сергей Панов (белогвардеец). За селом расстреляли всех, кроме Владимира, который остался сидеть на лошади «как бы окаменелый, потеряв рассудок». По воспоминаниям З.Ф. Недзельской, Иоанна привезли «на повозке на некую большую поляну, где к тому времени было собрано много священников», вместе с которыми он был расстрелян. Согласно местному преданию, три священника, среди которых был Иоанн, были расстреляны на развилке дорог, идущих в деревню Лягушину и село Егоршино Ирбитского уезда Пермской губернии. Возможно, этот рассказ совпадает с сообщением в газете «Уральская жизнь».
Владимир Шишев получил разрешение на захоронение тела отца в с. Мироновском, в ограде Георгиевской ц. При строительстве водонапорной башни останки Иоанна были обнаружены и перезахоронены близ стены церкви, где, вероятно, в настоящее время и находятся. Имя Иоанна включено в Собор новомучеников и исповедников Российских определением Священного Синода РПЦ от 17 июля 2002 г.
