Священномученик Сергий родился 10 апреля 1873 года в городе Чите в семье священника Иоанна Знаменского. Отец умер рано, и Сергей воспитывался в доме деда — сельского псаломщика. В 1913 году он окончил Казанскую Духовную академию и женился; у них с супругой Марией Лукьяновной было две дочери. В 1913 году Сергей Иванович был рукоположен в сан священника к кафедральному собору в городе Чите. На него были возложены обязанности миссионера среди языческих племен бурят и монголов.
Когда началась Первая мировая война и потребовались полковые священники, отец Сергий был командирован на фронт священником 234-го Борисоглебского пехотного полка. Он пробыл на фронте до конца войны. За самоотверженное служение отец Сергий был награжден двумя орденами и георгиевским крестом 4-й степени. В 1917 году он был возведен в сан протоиерея и награжден крестом с украшениями и митрой.
После распада фронта отец Сергий отправился домой в Читу, но в это время началась гражданская война и почти остановилось движение на железных дорогах. Разруха застала его в то время, когда он находился в Симбирске, и архиепископ Симбирский Вениамин (Муратовский) назначил его в Троицкую церковь в село Чуфарово Симбирского уезда, куда к нему приехала жена с дочерью. Здесь своей активной деятельностью, проповедями, тем, что никому из крестьян не отказывал в исполнении треб, куда бы и в какую погоду его ни звали, священник вскоре завоевал себе значительный авторитет, причем как среди крестьян, так и у представителей местных властей.
Однако среди местных коммунистов у него оказались противники. Они занимались поборами с крестьян и грабежом, и им не нравилось, что священник видит организуемый ими разбой и говорит об этом, и они стали предпринимать усилия, чтобы убрать священника из села.
Протоиерей Сергий был арестован 21 марта 1921 года в то время, когда находился по делам в Симбирске, и заключен в тюрьму ЧК.
Через некоторое время протоиерей Сергий был допрошен. Следователь спросил его:
— Вы говорили когда-нибудь в церкви проповеди?
— Говорил.
— Почему вы в своих проповедях называете коммунистов насмешливыми прозвищами «масленщиками», «яичниками», «мясниками» и так далее ?
— В своих проповедях я не только не называл коммунистов какими бы то ни было прозвищами, но даже и не упоминал о коммунизме.
20 апреля 1921 года Коллегия ЧК Симбирской губернии постановила заключить священника на пять лет в концлагерь. 23 апреля он был заключен в Симбирский губернский концентрационный лагерь принудительных работ.
22 февраля 1924 года Комиссия НКВД по административным высылкам изменила приговор на два года ссылки в Зырянский край. Через восемь месяцев отец Сергий был освобожден; возвращаясь в Симбирск, он остановился в городе Вятке, так как не имел средств сразу доехать до Симбирска. На следующий день по его приезде в Вятку епископ Авраамий (Дернов) назначил протоиерея Сергия настоятелем Успенского собора в городе Яранске. 3 ноября он отслужил первую службу в соборе и с тех пор служил часто, проповедуя за литургией и всенощной, и деятельно участвовал во всех церковных событиях города. Это было время тяжелое для церковной жизни Вятской епархии, так как власть захватили обновленцы, и бывали периоды, когда на кафедре не оставалось православного епископа, а обновленческие спешили рукоположить своих священников. В результате, когда во главе епархии все же становился православный епископ, клиры храмов разделялись, так как одни священники были рукоположены православными архиереями, а другие обновленческими, причем зачастую обновленцы, когда их храм переходил под омофор православного архиерея, отказывались приносить покаяние. Все это порождало нестроение и смуту в приходах. Такое положение было и в Успенском храме.
В начале января 1925 года в Яранск прибыл направленный сюда Патриархом Тихоном епископ Нектарий (Трезвинский), который назначил протоиерея Сергия своим секретарем; в этой должности отец Сергий пробыл до ареста владыки.
После того как во главе Яранского викариатства стал православный епископ, духовенство усилило борьбу против обновленцев, которые при помощи советской власти отнимали храмы у православных и достигли в этом некоторых успехов. Теперь же многие приходы возвращались в православие.
Активная церковная деятельность православных привлекла внимание властей, и ОГПУ составило следующее заключение о происходящих событиях: «Агентурными действиями ОГПУ было установлено, что в декабре 1924 года сгруппировавшийся в церковном совете Успенского кафедрального собора города Яранска кулаческо-монархический элемент — купцы Чернышевы, Охотников, думец Стародумов и другие, называя себя примыкающими к тихоновской ориентации, грубой физической силой религиозной толпы этой же ориентации разогнав в городе Яранске так называемые обновленческие церковные советы, захватив все церкви под свое руководство, послали к бывшему Патриарху Тихону в Москву делегата Чернышева за епископом. Тихоном был послан в Яранск епископ Нектарий Трезвинский, совершенно неизвестный населению Вятской губернии.
Трезвинскому во всей работе помогал вернувшийся только что из ссылки священник Знаменский».
5 апреля 1925 года епископ Нектарий был арестован и заключен во внутреннюю тюрьму Вятского ОГПУ.
22 мая сотрудники ОГПУ допросили протоиерея Сергия и, отвечая на их вопросы, священник сказал: «С епископом Нектарием я всегда служил обедню. Точно сказать относительно его проповедей я не могу, так как проповеди говорились всегда в конце обедни, когда я был занят в алтаре. Лично я также говорил проповеди, в каждой из которых касался обновленцев и что путем погибельным они ведут; имел выражения: лучше идти по старому с Богом, чем по новому без Бога. В проповедях своих о советской власти я никогда не говорил».
На следующий день сотрудники ОГПУ произвели в доме священника обыск.
Видя, что дело, начавшееся арестом епископа Нектария, идет, при поддержке властей, к захвату собора обновленцами и аресту всех сопротивляющихся этому, отец Сергий решил ехать в Москву.
В Москве он узнал, что только епископа Серафима (Звездинского) можно застать в Дмитрове. В Дмитровском районе, однако, не оказалось свободной священнической вакансии, и отец Сергий уехал в Нижний Новгород, затем в Арзамас, а оттуда отправился пешком в Саровскую обитель помолиться преподобному Серафиму. В Сарове он прожил больше недели, усердно прося преподобного о помощи. Из Сарова он выехал во Владимир, оттуда в Муром, и здесь ему сообщили, что вскоре освободится место священника, о чем его известят. Отец Сергий уехал в Москву и вскоре получил телеграмму, что место освободилось. Выехав в Муром, он прибыл туда в тот день, когда там развернулась многолюдная ярмарка. И тут отца Сергия ждали скорби. Желавшие ограбить его люди, после того, как план их не удался, оклеветали его. Его посадили в тюрьму. Затем было продолжено дело, начатое еще в Вятке, куда протоиерей Сергий был отправлен вскоре этапным порядком, прибыв в тюрьму при Вятском ОГПУ 21 сентября 1925 года.
5 октября 1925 года протоиерей Сергий из Вятской тюрьмы при ОГПУ был переведен в Вятскую городскую тюрьму. 6 октября следствие по его делу было закончено, и следователь ОГПУ вынес следующее заключение: «Считая предъявленное обвинение гражданину Знаменскому доказанным, следственное дело законченным и преступные действия его умышленными, за что он уже был сурово наказан, полагаю: данное следственное дело представить на внесудебное рассмотрение Особого Совещания Коллегии ОГПУ с предложением гражданина Знаменского Сергея Ивановича из пределов Вятской губернии изолировать и лишить его возможности антисоветской деятельности как неисправимого».
Затем дело было переслано в Москву на рассмотрение 6-го отделения секретного отдела ОГПУ. Секретарь отделения порекомендовал отправить священника на два года в концлагерь.
26 марта 1926 года Особое Совещание при Коллегии ОГПУ приговорило протоиерея Сергия к двум годам заключения. С открытием навигации на Белом море он был отправлен в Соловецкий концлагерь. По окончании срока заключения в 1927 году, он был направлен в Екатеринбург под надзор ОГПУ. Вскоре священник был снова арестован и приговорен к трем годам ссылки в Узбекистан.
Вернувшись из ссылки, протоиерей Сергий стал служить в храме мучеников Флора и Лавра в городе Кашире Московской области.
В 1937 году власти арестовали священника, обвинив его в хулиганстве. Но обвинение было настолько нелепым, что суд вынужден был его оправдать. Однако 17 ноября 1937 года власти снова арестовали его. На допросах священник виновным себя не признал.
— Дайте правдивые показания о вашем отношении к советской власти, — потребовал следователь.
— После совершения октябрьской революции я долгое время считал эту революцию за крамолу, бунтарство и делом временным, — ответил протоиерей Сергий.
— Вы точнее скажите о своем отношении к советской власти, — сказал следователь.
— А точнее могу сказать, что враждебное.
— Будучи враждебным человеком к советской власти, где вы проявляли активные действия против нее?
— Я открытых враждебных действий против советской власти не проявлял.
На этом допрос был закончен. 25 ноября Тройка НКВД приговорила отца Сергия к расстрелу. Протоиерей Сергий Знаменский был расстрелян 27 ноября 1937 года и погребен в безвестной общей могиле на полигоне Бутово под Москвой.
