Был учеником и сомолитвенником преподобного Александра Ошевенского. По смерти своего духовного отца покинул обитель. Строгий постник и молитвенник, Пахомий много лет провёл в уединении на берегу Кенозера, недалеко от Каргополя. Со временем на место его подвигов за советом и благословением стали приходить местные жители, некоторые просили старца принять их под своё руководство. Постепенно около кельи преподобного возникла целая обитель. Здесь была поставлена церковь в честь Преображения Господня, ставшая главным храмом Спасо-Преображенского Кенского мона¬стыря. Произошло это не позднее начала XVI столетия, а возможно в конце XV. В своей обители преподобный Пахомий устроил больницу для немощных старцев. Братия сами вместе с настоятелем трудились на земле: сеяли и убирали хлеб, ловили рыбу, расчищали лесные участки под поля. В 1508 году в Кенской обители принял ино¬ческое пострижение преподобный Антоний Сийский, подвизавшийся первона¬чально под руководством Пахомия.
