Родился 10 февраля 1877 года в селе Генино Серпуховского уезда Московской губернии в семье священника Иоанна Никольского, служившего в храме святых благоверных князей Бориса и Глеба. Впоследствии отец Иоанн был назначен в храм Рождества Богородицы в селе Льялово Московского уезда.
В 1892 году Алексей окончил Заиконоспасское духовное училище, в 1898 году – Вифанскую духовную семинарию, а в 1902 году – Московскую духовную академию со степенью кандидата богословия.
C 1902 года служит помощником ректора Тверской духовной семинарии.
В 1903 г. совершил паломническую поездку на Святую Землю в составе группы студентов.
Алексей Иванович следил за литературой, знал историю, был хорошим собеседником, обладал хорошими манерами. Он был остроумен, весельчак, первый танцор. Ему ничего не стоило приехать из Твери на бал в Благородном собрании в Москве и ночью выехать в Тверь, чтобы к утру быть на работе. Дамой его на этих балах бывала красивая, изящно одетая двоюродная сестра.
Впоследствии - преподаватель в Рославльском духовном училище, помощник секретаря и член правления "Общества во имя свт.Тихона для вспомоществования бедным".
В 1904 г. женился на Анне Николаевне Копьевой, младшей из двух дочерей известного протоиерея, настоятеля церкви Спаса Преображения в Наливках, строителя православных церквей в Польше и Финляндии. Алексей отказался от представительной и уважаемой должности и решил принять священнический сан.
В том же 1904 году был рукоположен во священника. Попросил направить его служить не в городской, а в сельский храм, сам объехал множество подмосковных церквей и остановился на с. Троицкое-Кайнарджи и стал настоятелем Троицкого храма в этом селе.
Отец Алексий хотел сплотить прихожан и поднять авторитет церковнослужителей, которых одна часть русского общества третировала как малоразвитых, а другая - завидовала им, как мнимо богатым. В Троицком о.Алексия очень уважали, любили, считались с ним, причем это были люди не только простые, но и интеллигенция. О.Алексий устраивал службы по образцу старинных, например, - длинную всенощную с перерывами для отдыха и раздачей хлеба для подкрепления сил. Он переписывался и уделял много внимания беседам с такими лицами как профессора: Ушаков, Некрасов, Строганов.
Был хорошим проповедником, причем в проповедях знакомил прихожан с историей Церкви, объяснял смысл богослужения. С 1907 года преподавал Закон Божий в Кожуховском земском училище.
После революции 1917 года семья о.Алексия бедствовала. Кто-то из прихожан подарил ему корову, крестьяне выделили часть поля под покос и посадки картофеля, землю для огорода. Священник с матушкой управлялся по хозяйству с помощью сына и двух дочерей-подростков.
В 1921 г. во время кампании по изъятию церковных ценностей о.Алексий уговорил приехавшую комиссию принять церковное серебро на вес, и пока приезжие пили чай, а затем играли в футбол на лужайке перед храмом, посланные батюшкой доверенные люди обошли всех знакомых, и было собрано необходимое количество серебряных ложек, вилок и прочего - церковная утварь была спасена.
Популярность о.Алексия с годами возрастала, и это, конечно, раздражало районные власти, а чинимые ими утеснения (отняли картофельное поле, лишили доли в деревенском покосе и т.д.) только увеличивало всеобщее сочувствие к нему.
В 1929 г. исполнилось 25 лет служения о.Алексия в Троицком храме. Он был награжден митрой и не удержался от устройства торжества при ее вручении: депутации с поздравлениями приехали со всей округи. А перед тем было поднятие колокола - о.Алексий привез его из подлежавшей сносу церкви. Один из друзей батюшки, юрист, увещевал его «не слишком громко звонить».
В конце 20-х годов в соседней деревне Фенино открыли избу-читальню; присланный из Москвы комсомолец-избач повел себя нагло: не только насмехался над «предрассудками» селян, но начал приставать к местным девушкам. Местные ребята за это его раза два отколотили. Как-то раз, когда отец Алексий ночью проходил по деревне (видимо, его позвали к кому-то для исполнения срочной требы), в кустах раздался выстрел. Хотя отец Алексий шел в полном одиночестве, наутро местным властям о происшествии стало известно, и батюшку стали обвинять в подстрекательстве на убийство избача.
В 1930 году был арестован по обвинению в контрреволюционной деятельности и приговорен к трем годам ссылки.
В начале 1931 г. был выслан на лесоповал на реке Пинеге под Архангельском. В 1932 г. его перевели в д. Ваймуша на Обозерский лесопункт, где сконцентрировали высланное духовенство.
О.Алексий подружился в ссылке со своим напарником, священником из Весьегонска. Их поселили в крохотной комнатушке при домике, отведенном группе ссыльных монахинь. Плотно закрыв окна и двери, священники и монахини смогли совершать тайно церковные службы. Им удалось совершить службы Страстной Седмицы и Пасхи.
В 1933 г. был освобожден без права проживания в Московской области. За это время матушку с детьми лишили прописки в Московской области, выселили из дома и отобрали все имущество. Они приютилась у знакомых.
Был возведен в сан протоиерея, получил назначение под Весьегонск в с. Малое Фоминское и занялся ремонтом церкви, закрытой из-за ареста священника. Матушке Анне Николаевне помогли купить домик в с.Малое Фоминское.
16 февраля 1938 года отца Алексия вызвали в райцентр «для проверки паспорта», где он был арестован по обвинению в антисоветской агитации и заключен в тюрьму в городе Весьегонске.
На следующий день были допрошены два свидетеля-родственника, бригадиры колхозов "Знамя труда" и "Новый путь". В начале февраля один из них похоронил жену, и по этому случаю они оба оказались в церкви. В этот день хоронили еще двух стариков. Бригадиры показали, что отец Алексий во время отпевания сказал:
"Вот эти два старика умерли как православные, они посещали церковь, причастились и умерли по-Божьи, а эта раба Божия – храм не посещала... При советской власти стало много умирать народа, люди стали слабые, живут в недостатках, храмы не посещают, а советская власть над храмами надругается и разрушает их, православных притесняют, молодежь совсем забыла церковь".
Также один из них показал, что когда в селе умер заместитель председателя колхоза, то его жена хотела после так называемой «гражданской панихиды» отпеть его в храме, но отец Алексий на это сказал: "Я его отпевать не буду, он не наш, Бога не признавал и в церковь не ходил".
В этот же день был допрошен и отец Алексий. На вопрос о том, кого он знает из священников, отец Алексий ответил, что знает только одного священника, с которым был в ссылке и которому исполнилось уже семьдесят лет и он в храме не служит. Следователь потребовал от него, чтобы он рассказал о своей антисоветской деятельности, и напомнил ему случай, о котором поведали свидетели.
Отец Алексий на это ответил:
"В первых числах февраля 1938 года мне пришлось одновременно отпевать трех покойников. Во время отпевания я произнес коротенькую проповедь, в которой выразил верующим свое удивление, что в один день приходится отпевать троих, раньше такие случаи были редки, и я призвал к покорности воле Божьей колхозников. Антисоветской агитации я не вел".
22 февраля 1938 года следствие было закончено, и 6 марта тройка НКВД приговорила священника к расстрелу.
Был расстрелян 8 марта 1938 года и погребен в безвестной общей могиле.
В 1956 году супруга отца Николая подала прошение властям о реабилитации священника. Для опросов власти вызывали завидовских крестьян. Все они перед лицом власти показали, что священник пользовался огромным авторитетом и любовью крестьян и никакой антигосударственной агитации не проводил. На основании многочисленных свидетельств, верующих и неверующих людей, власти в 1956 году признали отца Николая невиновным.
6 (19 н. ст.) сентября 1999 года канонизован как местночтимый святой Тверской епархии. Причислен к лику святых Новомучеников и Исповедников Российских на Юбилейном Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви в августе 2000 года для общецерковного почитания.
Память 23 февраля и в Соборе новомучеников и исповедников Российских.
