Родился 13 июня 1889 года в селе Малое Карачкино Козьмодемьянского уезда Казанской губернии в семье диакона Александра Ивановича Березина.
12 сентября 1908 года, по личному прошению, вышел из 1 класа Казанской духовной семинариии поступил на епархиальную службу.
С 3 июня 1909 по 9 марта 1910 года нес послушание псаломщика церкви Рождества Христова села Пайгусово Козьмодемьянского уезда, а затем был переведен в Петропавловскую церковь села Кузнецово, располагавшегося в том же уезде.
В 1929 году был рукоположен во диакона, затем во священника.
В сохранившихся клировых ведомостях дореволюционного периода отмечается, что поведения он был очень хорошего, знал марийский язык.
На протяжении 1930-х годов представители советской власти, которых, конечно же, не устраивало ревностное служение будущего мученика Богу и ближнему, старались найти повод для ареста отца Михаила и закрытия церкви, но никаких серьезных обвинений предъявить не могли.
29 октября 1936 года в Горномарийский отдел НКВД из Йошкар-Олы пришел приказ о срочном аресте батюшки, в котором содержалось требование закончить дело в 8 дней и отправить заключенного в Йошкар-Олу. Отца Михаила арестовали в тот же день и обвиняли в контрреволюционной агитации против советской власти и мероприятий, проводимых ею на селе.
В ходе следствия батюшка был допрошен семь раз: 30 октября, 6 ноября, 20 ноября (дважды) - в Козьмодемьянске; 14, 17, 20 декабря - в Йошкар-Оле. Кроме того, ему пришлось выдержать три очных ставки. Начиная с первого допроса, отец Михаил отрицал свою вину, заявив, к примеру, 20 ноября, что «никогда, никому, ничего не говорил ни против советской власти, ни против ее мероприятий». Стремясь уложиться в отведенные 8 дней, следователь стал угрожать священнику расправой, но ничего не добился.
20 января 1937 года предстал перед спецколлегией главсуда МАССР, которая на закрытом заседании рассмотрела его дело. Несмотря на то, что батюшка не признал своей вины и ни один из свидетелей не смог подтвердить выдвинутое против него обвинение, отец Михаил был приговорен к 5 годам лишения свободы. При этом не были приняты во внимание справки, подтверждающие, что священник Березин бесплатно вывозил навоз на колхозные поля, сдал четырех телят и отдал колхозу свой сад с изгородью, что он «никогда не выступал против колхозного строительства и других мероприятий советской власти». Не помогло и обращение в специальную коллегию Верховного суда РСФСР, которая оставила приговор в силе.
До 23 июня 1937 года отбывал наказание в Ветлаге, расположенном на территории Нижегородской области, а затем был переведен в Антибесский лагерный пункт Сиблага, находившийся в Новосибирской области. Здесь он был арестован вторично по обвинению в активном участии в контрреволюционной кадетско-монархической повстанческой организации, «преследовавшей цели свержения советской власти в момент нападения Японии на СССР».
Вел себя на следствии мужественно, на единственном допросе, состоявшемся 22 декабря 1937 года, отказался отвечать на вопросы следователя и что-либо подписывать. Следует отметить, что «работал с батюшкой» наиболее «умелый» следователь: из допрошенных им семи обвиняемых по делу шестеро дали признательные показания. И только отец Михаил не сказал ничего. «От дачи каких-либо показаний по своим религиозным убеждениям я отказываюсь», — значится в протоколе допроса.
5 декабря 1937 года на заседании тройки УНКВД по Новосибирской области был приговорен к расстрелу.
Расстрелян 13 января 1938 года.
Причислен к лику святых новомучеников 17 июля 2002 года определением Священного Синода Русской Православной Церкви по представлению Йошкар-Олинской епархии.
Чин прославления святого совершен 19 сентября 2002 года в Мироносицком монастыре Йошкар-Олинской епархии.
Память 31 декабря, в Соборах новомучеников и исповедников Российских и Кузбасских святых.
