Тело преподобного Ферапонта было погребено в Лужецкой обители у северной стены собора Рождества Пресвятой Богородицы. Позже на месте погребения был построен храм в честь преподобного Иоанна Лествичника, переименованный в 1720 году во имя преподобного Ферапонта.
Почитание его началось вскоре после преставления. В 1502 году вновь отстроенный Богородице-Рождественский собор Ферапонтова монастыря был расписан знаменитым иконописцем Дионисием с сыновьями Владимиром и Феодосием.
На южной стене собора над захоронением преподобного Мартиниана уже тогда была изображена фреска с припадающими к престолу Богородицы Ферапонтом и Мартинианом - заступников и молитвенников за обитель.
В 1514 году были обретены нетленные мощи святого Ферапонта, прославленные многочисленны¬ми чудотворениями. Канонизация преподобного Ферапонта состоялась после Московского Собора 1547 года, на одном из соборов между 1549 и 1551 годами, когда игумен Ферапонтова монастыря привез митрополиту Макарию житие и свидетельство святости угодника Божия.
Мощи святого впоследствии почивали под спудом в соборной церкви Лужецкого монастыря. В 1812 году наполеоновские войска учинили в нем разгром, пожар и осквернение. Тогда исчезла серебряная рака над захоронением Ферапонта, пропало и житие его, однако сами мощи не были тронуты, так как они находились под спудом. В конце XIX века житие святого было вновь составлено по рукописным сказаниям в архиве Лужецкого монастыря, собранным его настоятелем архимандритом Дионисием.
Имя святого Ферапонта закрепилось не только в названии основанных им монастырей, но также в бывшая подмонастырской слободе, которая стала селом Ферапонтовым, и в части Бородаевского озера, которая прилегает к монастырю и называется Ферапонтовским, или Монастырским озером. В честь преподобного освящена одна из надвратных церквей Ферапонтова монастыря. Среди икон, изображающих святого Ферапонта, самым древним является сохранившийся храмовый образ из надвратной церкви.
Житие святого существует в виде нескольких рукописных списков и кратких популярных их редакций. Наиболее полным считается список, хранившийся в Санкт-Петербургской духовной академии. Эта рукопись, как считал историк В. О. Ключевский, была составлена иноком Ферапонтова монастыря Матфеем в середине XVI века во время Макарьевских соборов по канонизации русских святых.
Тропарь
глас 4
Житием чистым просветився, в молитвах и постех пустыни явился еси доброе прозябение и, духовному твоему учителю последствуя, ум свой к Небесным управль, стаду твоему наставник был еси, тем тя молим, отче Ферапонте, моли Христа Бога спастися душам нашим.
Кондак
глас 4
Преблагий Спас наш Христос умножил есть милость Свою к нам, даровав нам в заступника и целителя преподобнаго отца нашего Ферапонта, иже просвещает нас образом святаго жития своего и ныне молитвами своими ограждает обитель свою от врагов и от разрушения, страну сию от глада и напрасный смерти, чтущих же память его всех от болезней и от лютых страстей.
