Родился в селе Кути, в Никшичской Жупе, в бедной и набожной семье. Еще в юности подвизался в монастыре Морача как послушник. Там он принял постриг, был рукоположен в иеродиакона, а потом и в иеромонаха. Заслужив уважение у братии был избран игуменом этого монастыря.
Когда турки стали угрожать ему смертью, Стефан вынужден был оставить монастырь и несколько лет жил отшельником в Ровачской пещере. Это место в горах носило название Трманье (Ровци) и находилось на расстоянии пяти часов ходьбы от монастыря Морача. Тут он стал жить в одной маленькой пещере. В этой пещерке он устроил себе келию, остатки которой, называемые Челиште (от сербского ћелиja – келья), можно увидеть и сегодня.
Спасаясь от нападений турок, около 1660 года прп. Стефан перебрался в "пределы Скендерийские" в Черногории, на высокогорное плато в окресностях Подгорицы. Здесь, получив согласие жившего здесь черногорского племени пиперов, он построил в 1667 году небольшую церковь, а также здание школы и монастырской кухни. Со временем здесь вырос монастырь Челия Пиперская, а преподобный Стефан стал его игуменом. На этом месте прп.Стефан прожил тридцать семь лет, ведя строгую подвижническую жизнь.
Скончался 20 мая 1697 года.
Спустя четыре годы после его блаженной кончины над могилой прп. Стефана начал появляться таинственный свет, а вскоре преподобный и сам явился во сне одному священнику. После этого явления из Подгорицы прибыл пресвитер для того, чтобы вместе с монахами обители открыть могилу святого. Тело преподобного было найдено нетленным. Святые мощи были положены в кивот и перенесены в храм Св. Архангелов. Узнав о мощах прп. Стефана народ изо всех краев приезжал поклониться им. При этом среди паломников были не только православные сербы, но даже турки. По молитвам святого многие получали утешение и исцеления от недугов. Из-за постоянной опасности от турок христиане хотели перенести мощи преподобного в более безопасное, но сам святой воспротивился этому. Мощи прп. Стефана и по сей день почивают в основанном им монастыре Челия Пиперская у южной стены Богородице-Рождественского храма в кивоте изготовленном Петром Чолановичем в 1908 году.
В 1749 г. находившйся в то время в Челии будущий епископ Парфений Павлович написал тропарь и кондак прп. Стефану.
Почитание прп. Стефана Пиперского быстро распространялось по Черногории, Боке и другим сербским землям, а также часто встречалось среди албанцев и турок. Иеромонах Стефан, служивший в монастыре Градиште, сообщает, что в 1796 г. владыка Петр II по заступничеству прп. Стефана одержал победу над войском Мехмеда-паши.
Частичка мощей прп. Стефана Пиперского находится в алтаре Александро-Невского собора в Новосибирске.
