Il fut victime de son zèle pour l'Orthodoxie en luttant contre l'hérésie monophysite d'Eutychès. Alors qu'il assistait au concile convoqué par l'empereur Théodose II, le 8 août 449, dans une église d'Ephèse, une foule de soldats, de matelots et de moines exaltés envahirent l'église et rouèrent de coups les Pères conciliaires hostiles à Eutychès. Ce furent ces gaillards qui, ce jour-là, décidèrent qu'il n'y avait qu'une seule nature en Jésus-Christ. Ils s'acharnèrent sur saint Flavien qui fut jeté en prison et mourut peu de jours après des coups reçus, parce qu'il restait attaché à la foi de l'Eglise. Le Pape saint Léon approuva la conduite de Flavien qui fut réhabilité par le concile oecuménique de Chalcédoine en 451 qui le proclama saint et martyr.
Lorsque l'empereur Théodose lui demanda une offrande en or, il lui envoya les vases sacrés de la Grande Eglise Saint Sophie avec ces paroles :" En fait d'or, nous avons ces vases sacrés qui sont la propriété de Dieu." Théodose retira son exigence. Quand Eutychès refusa les décisions du concile de 448 et écrivit au pape de Rome pour lui donner sa version, Flavien écrivit également au pape dont la réponse est restée célèbre sous le nom de ‘tome à Flavien" et fut lue au concile de Chalcédoine en 451. Quelques années plus tard, Eutychès intrigua auprès de l'empereur et, lors d'un pseudo-concile, connu sous le nom de "brigandage d'Ephèse", il obtint que saint Flavien soit destitué, les légats du pape renvoyés. Comme saint Jean Chrysostome, saint Flavien mourut sur le chemin de l'exil en raison des mauvais traitements et des coups qu'il avait reçus.
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