El santo empezó a desempeñarla en el desierto de Judea, sobre las riberas del Jordán, a la altura de Jericó. Cubierto con pieles, predicó a todos los hombres la obligación de lavar sus pecados con las lágrimas de la penitencia y proclamó la próxima venida del Mesías. Igualmente exhortó a las multitudes a la caridad y la reforma de vida y bautizaba en el Jordán. Los judíos solían lavarse como símbolo de la purificación interior, pero hasta entonces, el bautismo no había tenido la alta significación mística que le atribuía San Juan. El bautismo representaba para él la purificación del pecado, la preparación para que los hombres participaran en el Reino del Mesías. En otras palabras, era un símbolo sensible de la purificación interior y un tipo del sacramento que Cristo iba a instituir. Ese rito ocupaba un sitio tan prominente en la predicación de Juan, que las gentes empezaron a llamarle "el Bautista", es decir, "el que bautiza." Cuando Juan llevaba ya algún tiempo de predicar y bautizar, el Salvador fue de Nazaret al Jordán y se presentó para ser bautizado. Juan le reconoció por divina revelación y trató de excusarse, pero al fin accedió a bautizarle, por obediencia.
La ardiente predicación del Bautista y su santidad y milagros, atrajeron la atención de los judíos sobre él y algunos empezaron a considerarle como el Mesías prometido. Pero Juan declaró que él no hacía más que bautizar en el agua a los pecadores para confirmarlos en el arrepentimiento y prepararlos a una nueva vida, pero que había Otro, que pronto se manifestaría entre ellos, que los bautizaría en la virtud del Espíritu Santo y cuya dignidad era tan grande, que él no era digno de desatar las correas de sus sandalias. No obstante eso, el Bautista había causado tal impresión entre los judíos, que los sacerdotes y levitas de Jerusalén fueron a preguntarle si él era el Mesías esperado. Y San Juan confesó y no negó y dijo: "Yo no soy el Cristo", ni Elías, ni uno de los profetas. Aunque no era Elías, poseía el espíritu de Elías, pues el profeta había sido el tipo del Bautista. Juan era un profeta y más que un profeta, puesto que su oficio consistía no en anunciar a Cristo a distancia, sino en señalarle a sus contemporáneos. Así pues, como no era Elías en persona, ni un profeta en el sentido estricto de la palabra, respondió negativamente a las preguntas de los judíos y se proclamó simplemente "la voz del que clama en el desierto." En vez de atraer sobre sí las miradas de los hombres, las desviaba hacia las palabras que Dios pronunciaba por su boca. Juan proclamó la mesianidad de Cristo en el bautismo y, precisamente al día siguiente de aquél en que los judíos habían ido a interrogarle, llamó a Jesús "el Cordero de Dios." El Bautista, "como un ángel del Señor, permanecía indiferente a las alabanzas y detracciones", atento únicamente a la voluntad de Dios. No se predicaba a sí mismo sino a Cristo. Y Cristo declaró que Juan era más grande que todos los santos de la antigua ley y el más grande de los nacidos de mujer. Heredes Antipas, el tetrarca de Galilea, había repudiado a su esposa y vivía con Herodías, quien era juntamente su sobrina y la esposa de su medio hermano Filipo. San Juan Bautista reprendió valientemente al tetrarca y a su cómplice por su conducta escandalosa y dijo a Herodes: "No te es lícito vivir con la mujer de tu hermano." Herodes temía y respetaba a Juan, pues sabía que era un hombre de Dios, pero se sintió muy ofendido por sus palabras. Aunque le respetaba como santo, le odiaba como censor y fue presa de una violenta lucha entre su respeto por la santidad del profeta y su odio por la libertad con que le había reprendido. Finalmente, la cólera del tetrarca, azuzada por Herodías, triunfó sobre el respeto. Para satisfacer a Herodías y tal vez también por temor de la influencia que Juan ejercía sobre el pueblo, Herodes le encarceló en la fortaleza de Maqueronte, cerca del Mar Muerto. Cuando el Bautista se hallaba en la prisión, Cristo dijo de él: "¿A quién fuisteis a ver? ¿A un profeta? En verdad os digo, a un profeta y más que un profeta. De él es de quien está escrito: He aquí que envío a mi ángel delante de ti para que te prepare el camino. En verdad os digo, no hay entre los nacidos de mujer ninguno más grande que Juan el Bautista."
Pero Herodías no perdía la ocasión de azuzar a Herodes contra Juan y de buscar la oportunidad de perderle. La ocasión se presentó con motivo de una fiesta que dio Herodes el día de su cumpleaños a los principales señores de Galilea. Salomé la hija de Herodías y de Filipo, danzó ante los comensales con tal arte, que Herodes juró concederle cuanto le pidiera, aunque fuese la mitad de sus dominios. Herodías aconsejó a su hija que pidiese la cabeza del Bautista y, para impedir que el tetrarca tuviese tiempo de arrepentirse, sugirió a Salomé que exigiese que la cabeza del santo fuese inmediatamente traída en una fuente, el tirano dio inmediatamente la orden de que le decapitasen en la prisión y de que trajesen en una fuente su cabeza a Salóme. La joven no tuvo reparo en tomar el plato en sus manos y ofrecérselo a su madre. Así murió el gran precursor del Salvador, el profeta más grande "de cuantos han nacido de mujer." En cuanto se enteraron de la noticia, los discípulos del Bautista recogieron su cuerpo, le dieron sepultura y fueron a contarlo a Jesús. "Y habiéndolo oído, Jesús se retiró... a un sitio del desierto."
