Der hl. Johannes wurde um 354 in Antiochia, (heut. Antakya) in einer Familie eines Heerführers geboren. Sein Vater war früh gestorben, dennoch erhielt er eine gediegene Ausbildung, auch im religiösen Leben, studierte Redekunst bei dem griechischen Rhetoriker Libanius und begann eine Laufbahn als Anwalt. 372 wurde er getauft, anschließend studierte er an der berühmten theologischen Schule von Antiochia, vor allem Bibelauslegung. Hier lernte er dann als Mönch und Einsiedler das asketische Leben. Dennoch kehrte er nach Antiochia zurück, wo er im Jahr 381 vom hl. Meletius, Bischof von Antiochia, zum Diakon und 386 vom Meletius' Nachfolger, Bischof Flavianos , zum Priester geweiht wurde.
Berühmt wurde der hl. Johannes durch sein Talent eines Theologen und Religionsphilosophen. Er wirkte als begnadeter Autor und Prediger an der Patriarchalkirche von Antiochia. Sein Ernst und die lebensnahe Art zu predigen führten zu seinem Ruf, einer der größten Redner der frühen Kirchengeschichte zu sein; daher sein Name "Chrysosthomus", "Goldmund".
Im Jahr 398 wurde der hl. Johannes vom Kaiser des Oströmischen Reiches, Arkadius (395-408), zum Patriarchen von Konstantinopel ernannt. Er gründete Krankenhäuser, unterstützte die verarmte Bevölkerung und betätigte sich mit seinem Redetalent in der Mission. Seine Kritik am verfaulten und unmoralischen Leben in der Hauptstadt, am kaiserlichen Hof und auch in der Kirche brachte ihn in Konflikt, vor allem, mit der Kaiserin Eudoxia. Auf der "Eichensynode" in Chalkedon im Jahr 403 wurde der hl. Johannes abgesetzt und 404 in die Verbannung nach Armenien geschickt. Kurz darauf, nachdem die Kaiserin eine Fehlgeburt erlitten hatte, wurde er zurückgerufen, weil sie sich ihr Handeln als Grund des Schicksalsschlages erklärte. Nach ihrer Genesung schickte sie ihn aber bald schon wieder in die Verbannung, in die Einsamkeit des Taurusgebirges, nach Pityus in Kolchis (heut. Suchumi in Georgien). Er starb am 14. September 407, und wurde zuerst dort in Pityus beigesetzt.
Im Jahr 438 wurden die Reliquien des Heiligen Johannes vom Kaiser Theodosius II. nach Konstantinopel geholt und feierlich in der Hl.–Irene-Kapelle in Konstantinopel (heut. Istanbul) gelegt. Des hl. Johannes' umfangreiches Werk enthält Homilien, Briefe, Abhandlungen und Liturgie. Der hl. Johannes Chrysostomus wird als einer der vier großen Väter der Orthodoxen Kirchen verehrt.
Das Gedächtnis des heiligen Johannes Chrisostomos wird am 12. Februar (30. Januar), 27. (14.) September und 26 (13.) November gefeiert.